2026/01/07 6:10
プロバイオティクス摂取後の口腔マイクロバイオームシーケンス研究
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要約▶
Japanese Translation:
本研究では、BioGaia の市販オーラルプロバイオティクス「Prodentis」（Limosilactobacillus reuteri の2株を含む）が、30日間の自己投与試験中に口腔内で定着できるかどうかを検証しました。事前・治療中・治療後、および停止から1週間後の4つの唾液サンプルを Oxford Nanopore 技術と Plasmidsaurus を用いて解析しました。L. reuteri のリードは検出されず、最も近い一致は約91 % の類似度に留まりました。これは定着がなかったか、または検知限界以下のレベルであったことを示唆しています。
口腔マイクロバイオームは変化しました：Prodentis を中止した後、Streptococcus salivarius が全細菌に対して <2 % から約20 % に上昇しました。同時に S. mitis は急激に減少（≈15 % → 1 %）し、総合的な Streptococcus の割合はほぼ一定のままでした。これは S. salivarius がニッチを占有して置き換えたことを示唆しています。さらに Veillonella tobetsuensis は 2.1 % から 5.7 % に増加し、成長する S. salivarius が生成する乳酸に支えられた可能性があります。いずれのサンプルにも赤複合体（P. gingivalis, T. forsythia, T. denticola）は検出されませんでした。
シーケンス解析は便利で費用対効果が高く、4サンプルに対して総額 240 ドルで済みました。高品質な ONT リード（中央値 Q 23、約1,500 nt）が得られました。この結果は口腔プロバイオティクスの定着検出の難しさを浮き彫りにし、短期間でも製品がマイクロバイオームを再構築できることを示しています。Prodentis は風味が良く、一時的な口腔健康効果を提供する可能性がありますが、本実験ではプロバイオティクス株の定着は検出されませんでした。将来的には、より高用量や代替投与システムを試し、定着と長期的影響を評価する研究が期待されます。
本文
BioGaia Prodentis：30日間の経口プロバイオティクス試験
概要
- 製品名：BioGaia Prodentis（経口プロバイオティックロゼンジ）
- 価格：月額20ドル未満
- 期待される効果：呼気のフレッシュ化、歯茎の健康改善、有害菌の競争優位性確保
- 主な株：Limosilactobacillus reuteri DSM 17938 と ATCC PTA 5289
BioGaia の背景
- スウェーデン発設立30年以上前。DTC（ダイレクト・トゥ・コンシューマ）でプロバイオティクスを販売
- 腸内および経口健康用に複数の L. reuteri 株を開発
- 時価総額：約10億ドル。250件以上の臨床研究が報告されている
代表的な腸内製品：Protectis – 早産児の壊死性腸炎を減少させる
シーケンシングプラットフォーム：Plasmidsaurus
| 特徴 | 詳細 |
|---|---|
| 方法 | Oxford Nanopore（ONT）16Sシーケンス |
| 解析時間 | 約24時間 |
| コスト | サンプルあたり45ドル（約5,000リード）＋15ドルのDNA抽出料 = 60ドル |
| 精度 | 中央値Q＝23（>99％正確性） |
| リード長 | 約1,500nt（典型的な16S領域） |
サンプル採取：
- 唾液100–250 µL + Zymo DNA/RNA Shield 500 µL
- 2 mLのねじ止めチューブで発送
実験デザイン
| サンプル | タイミング | 説明 |
|---|---|---|
| Baseline A | Day −4 | BioGaia開始前数日前 |
| Baseline B | Day −1 | BioGaia開始直前 |
| Day 30 | 30日目 | 30日コース最終日 |
| Week after | Day 37 | コース終了後1週間 |
結果
1. L. reuteri の定着
- いずれのサンプルにもDSM 17938またはATCC PTA 5289に一致するリードは検出されなかった
- 最も近い一致は91％アイデンティティ → おそらく関連性の低い株
- 解釈：
- プロバイオティクスは経口腔内で定着しなかった
- 一時的に存在した可能性や検出閾値未満だったと考えられる
2. マイクロバイオームの変化
| 菌 | Baseline A | Baseline B | Day 30 | Week after |
|---|---|---|---|---|
| S. mitis | 2.0 % | 15.9 % | 10.2 % | 1.0 % |
| S. salivarius | 0.4 % | 0.0 % | 0.8 % | 19.3 % |
- プロバイオティクス停止後1週間で Streptococcus salivarius が約20％に急増
- 同時に S. mitis は減少し、全体としてストレプトコッカス系の割合は安定
- V. tobetsuensis は2.1 %から5.7 %へ上昇（おそらく S. salivarius の乳酸を利用）
3. 一貫した種
- Neisseria subflava、Streptococcus viridans、Streptococcus oralis は全サンプルで安定しており、日々のノイズではなく真のマイクロバイオーム信号を示唆
4. 病原体
- 「赤複合体」菌（P. gingivalis、T. forsythia、T. denticola）は全サンプルで検出されなかった
結論
| 観察 | 含意 |
|---|---|
| L. reuteri が不在 | 経口プロバイオティクスの定着は難しく、継続投与が必要と考えられる |
| プロバイオティクス停止後の S. salivarius の増殖 | 生態系変化に起因する可能性。プロバイオティクス使用または自然変動に関連 |
| 週単位でのマイクロバイオームのダイナミズム | 経口菌群は急速に変化し、基線にはばらつきがある |
| 歯周病因子が検出されない | 試験期間中、健康な経口環境を維持 |
総括：
- BioGaia Prodentis は食べやすく、経口健康に有益である可能性がありますが、L. reuteri の直接的定着は確認されませんでした。
- Plasmidsaurus 16Sシーケンスは、経口マイクロバイオームの変化をモニタリングするための便利かつコスト効果の高い手段として有効でした。